پس از درگذشت آیت‌الله روح‌الله خمینی رهبر انقلاب ۱۳۵۷، مجلس خبرگان رهبری در ۱۴ خرداد ۱۳۶۸ و پیش از تدفین وی در جلسه‌ای فوق‌العاده آیت‌الله سید علی خامنه‌ای را به عنوان رهبر جمهوری اسلامی ایران انتخاب کرد. وی سرانجام با کسب بیش از ۷۲ درصد کل اعضاء[۱] به این مقام رسید. پیش از برگزیدگی و رأی‌گیری وصیت‌نامه سید روح‌الله خمینی خوانده شد. بنابر روایت آیت‌الله محی‌الدین حائری شیرازی نخست قرار بود رهبری شورایی شود ولی این موضوع مورد اجماع واقع نشد و نهایتاً رهبری به صورت فردی به اجماع اعضاء رسید.[۲][۳][۴][۵][۶][۷][۸][۹][۱۰] شورای نگهبان بر اساس اصل ۱۰۷ قانون اساسی وظیفه تعیین رهبر را بر عهده دارد.[۱۱]رهبر کنونی ایران علی‌رغم عدم تمایل و به نقل امامی کاشانی در حالیکه خود به انتخاب احمد آذری قمی بعنوان رهبر نظر داشت،[۱۲] به وسیله اکثریت بالای آراء اعضاء مجلس خبرگان به این سمت منصوب شد.[۱۳] بنا بر نقل اکبر هاشمی رفسنجانی نخست موضوع رهبری فردی و رهبری شورایی مطرح بود که خود هاشمی و رهبر کنونی ایران تمایلی به آن نداشتند ولی در نهایت بنا بر اجماع و همه‌پرسی اعضای مجلس خبرگان، رهبری فردی تصویب گردید.[۱۴][۱۵][۱۶]
محتویات
۱ مخالفت ها
۲ پیام‌های تبریک
۳ نظر احمد خمینی
۴ پیوند به بیرون
۵ پانویس
مخالفت ها
انتخاب خامنه‌ای برای رهبری بحث‌برانگیز بوده‌است. وی یکی از شرط‌های به دست گرفتن امر رهبری یعنی مرجعیت را مطابق با قانون اساسی نداشت.
بر اساس اصل صدونهم قانون اساسی سابق شرایط و صفات رهبر یا اعضای شورای رهبری عبارت بود از: صلاحیت علمی و تقوایی لازم برای افتا و مرجعیت، بینش سیاسی و اجتماعی و شجاعت و قدرت و مدیریت کافی برای رهبری. ولی او عنوان مرجعیت را نداشت.
هاشمی رفسنجانی به نقل از آیت‌الله خمینی در مجلس خبرگان گفت که وی گفته‌بوده‌است که مرجعیت لازم نیست.
آیت الله خمینی پیش از درگذشتش خود خواستار اصلاح قانون اساسی بود و خود شورایی برای بازنگری در قانون اساسی تشکیل داده‌بود. وی در ۹ اردیبهشت ۱۳۶۸ در نامه‌ای به علی مشکینی، رئیس شورای بازنگری قانون اساسی، نوشته بود که:
معتقدم برای رهبری شرط مرجعیت لازم نیست. مجتهد عادل مورد تأیید خبرگان محترم سراسر کشور، کفایت می‌کند[۱۷][۱۸]
در سال ۱۳۷۶، آیت‌الله حسینعلی منتظری عدم کفایت علمی و دینی و نامشروع بودن این انتخاب را مطرح کرد.[۱۹] وی درباره مرجعیت خامنه‌ای گفت اینکه آمدند در شب بعد از فوت آیت‌الله اراکی، عده‌ای بچه راه انداختند در خیابان جلوی جامعه مدرسین، مثل همین الان که راه می‌اندازند; بعد هم سه چهارنفر از تهران آمدند و اصلاً (کسانی که ایشان را می‌گفتند) هفت هشت نفر بیشتر نبودند و به زور هفت نفر را به عنوان مرجع گفتند که ایشان را هم جزو کنند، در صورتی که ایشان در حد فتوا و مرجعیت نیست. بنابر این مرجعیت شیعه را مبتذل کردند، بچه گانه کردند، با یک عده بچه اطلاعاتی که راه انداختند! اینها مصیبتهایی است که ما در این کشور می‌بینیم.[۲۰]
احمد آذری قمی نیر با نوشتن نامه‌ای او را فاقد شرایط مرجعیت برشمرد[۲۱]}}[۲۲]
در سال ۸۳ قاسم شعله‌سعدی نمایندهٔ مجلس‌های سوم و چهارم در نامه‌ای به سید علی خامنه‌ای، وی را حجت‌الاسلام خطاب کرد و گفت در زمان انتصاب به عنوان رهبر، فاقد شرایط تعیین‌شده برای رهبری در قانون اساسی بوده‌است.[۲۳]
پیام‌های تبریک
پس از این انتخاب، علماء و شخصیت‌های سیاسی متعددی برای وی پیام تبریک دادند که از این افراد می‌توان به عنوان نمونه مراجع تقلید فاضل لنکرانی، محمدعلی اراکی، سید محمدرضا گلپایگانی و یوسف صانعی و روحانیونی نظیر علی مشکینی و سید رضا بهاءالدینی را نام برد.[۲۴][۲۵]
سید احمد خمینی
انتخاب شایسته و بسیار خداپسندانه حضرتعالی، باعث شادی تمام دوستداران اسلام و انقلاب اسلامی در جهان گردید. حضرتعالی از چهره‌های درخشان انقلاب اسلامی بوده و همیشه مورد تأیید و تکریم امام عزیزمان بوده‌اید.[۲۶][۲۷]
محمدرضا مهدوی کنی
این الهامی بود از الهامات الهی و هدایتی بود از هدایت معنوی روح حضرت امام رضوان الله علیه که هنوز این ملت را رها نکرده و این رحمتی بود از طرف خداوند که در کوران این مصیبت جانکاه، با تعیین آیت‌الله خامنه‌ای که از یاران صدیق امام و از یاران خوشنام و خوش سابقه بوده و مجتهد و عادل است، به عنوان رهبری نظام جمهوری اسلامی ایران، آرامشی توام با اعتماد و اطمینان بر کشور و امت فداکار حاکم گردید.[۲۸][۲۹]
نظر احمد خمینی
احمد خمینی فرزند سید روح‌الله خمینی پیش از انتشار خبر برگزیدگی سید علی خامنه‌ای به مقام رهبری در ایران و پس از شنیدن خبر انتخاب رهبر جدید گفت:
امام گفتند من هر چه فکر می‌کنم آقا سید علی آقا برای رهبری خوبه. این مطلب را حاج احمد آقا همون اول ورود روز همان اول به ما اعلام کرد که امام اینطور گفت، مقام معظم رهبری گفته بود اگر امام به من بگوید بروم عقیدتی سیاسی ژاندارمری یکی از روستاهای سیستان و بلوچستان تردید نمی‌کنم، این شعار نبود، ساختمان یک رهبری را با همه سنگینی‌اش روی این شناژ محکم گذاشت و رفت.